Genom en kombination av ekologisk landskapsplanering, anpassade skötselmetoder och generell hänsyn ska hanteringen av skogen bidra till att Gysinge Skogs naturvårdsambitioner nås. Hur skogarna brukas, påverkas av ramar i skogsvårdslagstiftningen samt de frivilligt påtagna skogscertifieringarna FSC® och PEFC.
Gysinge Skog är medlem och gruppcertifierat hos Skogscertifiering Prosilva
(PEFC/05-22-19, FSC-C105738).

Skogsbruket på Gysinge Skogs marker skall ske på ett sätt att naturligt förekommande växter och djur ges förutsättningar att fortleva under naturliga betingelser. Gysinge skog arbetar för att negativ påverkan på vattenmiljöer begränsas och att historiskt värdefulla kulturmiljöer bevaras och förhindras från att skadas. Miljöarbetet präglas av en helhetssyn och att arbeta med ständig förbättring.

Gysinge Skog har avsatt ca 6 000 ha produktiv skogsmark för naturvårdsändamål.  Dessa skogsbestånd lämnas ofta orörda från skogsbruk. I vissa fall kan skogliga åtgärder behövas för att gynna de skyddsvärda arterna. Därutöver avsätts årligen ca 7 % av den avverkningsbara volymen som naturvård eller socialhänsyn i samband med avverkning.